Хороший вопрос. Попробую подсчитать из того, что мне известно:

X-Tokyo-Babylon-Clamp-Detectives-ещё-неизвестно-какая-манга-где-был-мой-любимый-Юто-возможно-
Magic-Knights-Rayearth: современный Токио, присутствуют маги разных мастей и порядков, в 1999 году наступает давно предсказанная решающая битва меж разными фракциями. Исход неизвестен. Попозже можно прописать подробную метафизику.

XXXholic-Lawful-Drug-Card-Captor-Sakura-возможно-Magic-Knights-Rayearth: снова современный Токио, только целый) Особых отличий в метафизике от предыдущего не замечено, только герои решают чуть более локальные проблемы (хоть это ещё с какой стороны посмотреть).

Angelic-Layer-Chobits-опять-же-возможно-Magic-Knights-Rayearth (хотя нет, там только манга такая есть): Токио, недалёкое будущее. В отличии от двух предыдущих, здесь бал правит техника, а не магия. Тем не менее, отсутствие таковой ничем не доказано, просто герои ни с чем подобным не сталкивались.

Wish: опять современный Токио, будь он неладен. Наполнен духами, от других Токио отличается наличием ангелов и демонов, а так же бога и дьявола.

Magic-Knights-Rayearth: большая часть действия происходит не в современном Токио, а в мире (точнее, стране) под названием Сефиро. Метафизику почти дословно можно выписать из манги и аниме. Она там достаточно подробно объясняется. Помимо Сефиро в том же мире есть ещё несколько стран с иными внутренними законами.

RGVeda: Тенкай, людей нет, одни боги да демоны. Обладают различными способностями, которые сверхестественными не считаются.

Clover: весьма специфический мир без названия, техника и магия причудливо переплетаются, потому желателен подробный разбор метафизики. Правда, это очень тяжело сделать.

И, наконец, если подумать, то все современные Токио могут быть одним и тем же миром. Скорее всего, придётся отбросить X, но между остальными вполне можно поставить знак шаткого равенства.
В общем, жду опровержений.